Lembaga Penelitian adalah unsur pelaksana akademik yang melaksanakan sebagian tugas pokok dan fungsi ISI di bidang penelitian yang berada di bawah Rektor.

Lembaga Penelitian mempunyai tugas melaksanakan, mengkoordinasi, memantau, menilai pelaksanaan kegiatan penelitian yang diselenggarakan oleh Pusat Penelitian serta ikut mengusahakan mengendalikan administrasi sumber daya yang diperlukan.

Lembaga Penelitian mempunyai fungsi :

1. 1. melaksanakan penelitian ilmiah murni;
   2. melaksanakan penelitian ilmu pengetahuan, teknologi dan/atau kesenian tertentu untuk menunjang pembangunan;
   3. melaksanakan penelitian untuk pendidikan dan pengembangan institusi;
   4. melaksanakan penelitian ilmu pengetahuan, teknologi dan/atau kesenian serta penelitian untuk mengembangkan konsepsi pembangunan nasional, wilayah, dan/atau daerah melalui kerjasama antar perguruan tinggi dan badan lain baik di dalam negeri maupun dengan luar negeri;
   5. melakukan urusan tata usaha lembaga.

Sumber: Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, Nomor: 0173/O/1995, tanggal 18 Juli 1995, tentang Organisasi dan Tata Laksana Institut Seni Indonesia Yogyakarta